För att möta de intagnas behov av personliga samtal och vägledning i etiska och existentiella frågor finns präster, pastorer och diakoner på fängelser och häkten. De ansvarar också för att anordna samtalsgrupper och gudstjänster och medverkar i vissa fall även i de intagnas undervisning i exempelvis etik. I arbetet kring de andliga frågorna har varje kriminalvårdsanstalt en särskild arbetsgrupp som kallas NAV-nämnd för andlig vård. NAV ska finnas vid varje häkte och anstalt.
 
NAV:s uppgift är att se till att religionsfriheten upprätthålls och att vara ett forum inom kriminalvården för de frågor som rör livsåskådning, etik och religion. På Sveriges Kristna Råd finns en konsulent, som sammanlänkar kyrkornas och kriminalvårdens ansvar för den andliga vården. Tillsammans med konsulenten verkar en programgrupp som bevakar kriminalpolitiska frågor, arbetar med verksamhetens utveckling och planerar medarbetarnas fortbildning.

Den främsta uppgiften inom den andliga vården är att vara tillgänglig för enskilda samtal med de intagna. Brottet, rättegången och frihetsberövandet innebär för de flesta att djupa livsfrågor förs upp till ytan. Familjerelationerna utsätts för stora påfrestningar och anstaltsmiljön aktualiserar många personliga problem för de intagna. Genom att NAV-ledamöter kommer utifrån, kan de med sina speciella erfarenheter ge intagna möjlighet att i kris- och stödsamtal ta upp och bearbeta personliga och existentiella frågor. Denna möjlighet ges också till kriminalvårdens personal. Alla samtal sker under tystnadsplikt.
 
Den andliga vården ger de intagna möjlighet att efter eget val delta i andakter och gudstjänster. På de flesta anstalter finns besöksgrupper med människor från olika kyrkor som kommer för att fika. Om den intagne har möjlighet att ta del av gudstjänstlivet ute i samhället kan NAV-arbetarna också medverka till detta. För att möta behovet av en djupare bearbetning av livsfrågorna erbjuder SKR i samverkan med kriminalvården långtidsdömda kortare och längre retreater inom ramen för "Klosterprojektet".